Станция Гудаута (тогда — Гудауты) была открыта для движения в 1944 году, а вокзал выстроен намного позже — в 50-60-е годы прошлого века, как и остальные монументальные вокзалы Абхазии.
Основное здание вокзала в Гудаутах небольшое, но его пространство было выполнено неожиданно ярко и богато для советской архитектурной школы. Колонны, поддерживающие свод крыши, окна с деревянным обрамлением в виде виноградных гроздей, лепнина на потолке и стенах внутри и снаружи здания.